學校成立于1960年,前身是1953年成立的昆明中醫(yī)進修學校,1960年云南中醫(yī)學院正式掛牌成立,1986年獲碩士學位授予權(quán),2016年成為云南省人民政府與國家中醫(yī)藥管理局共建高校,2018年成為博士學位授予單位,同年更名為云南中醫(yī)藥大學,是國家中醫(yī)藥臨床研究基地、國家中醫(yī)藥服務出口基地、國家中醫(yī)藥國際合作基地、國家中醫(yī)藥傳承創(chuàng)新中心培育單位、國家中醫(yī)臨床教學培訓示范中心、國家藥物臨床試驗機構(gòu)。學
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