1958年7月,為加快安徽建設,改變皖北地區(qū)人民群眾缺醫(yī)少藥的局面,國家決定由原上海第二醫(yī)學院(現(xiàn)上海交通大學醫(yī)學院)以及安徽醫(yī)學院(現(xiàn)安徽醫(yī)科大學)援建創(chuàng)立蚌埠醫(yī)學院。
學校是國家首批卓越醫(yī)師教育培養(yǎng)計劃試點高校、全國首批?漆t(yī)師規(guī)范化培訓基地、國家級大學生創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)實踐基地和國家級大學生校外實踐教育基地、教育部臨床醫(yī)學“5+3”改革試點高校。學校是國家首批具有學士和碩士學位授予權單位,是教育部碩
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