關于新農合的報銷制度，全國沒有統一的規(guī)定，各地根據自己的實際情況有不同的規(guī)定。以北京市海淀區(qū)為例看一下相關規(guī)定。

　　(一)普通參合人員醫(yī)療費用報銷政策。年度內多次住院，首次住院醫(yī)療費用超出起付線者，再次住院發(fā)生費用累計計算，按規(guī)定進行補償。因病住院經批準轉院連續(xù)住院治療的，其住院的醫(yī)藥費用累計計算，按規(guī)定進行報銷，每月結報一次。惡性腫瘤進行放、化療、腎透析，肝、腎移植(或肝腎聯合移植)術后服用抗排異藥及兒童再生障礙性貧血和血友病所發(fā)生的特殊病種門診費用，每月結報一次。年度內多次門診，門診累積醫(yī)療費用超出起付線者，按規(guī)定進行報銷，具體報銷時限由各鄉(xiāng)鎮(zhèn)自行制定。

　　鎮(zhèn)(鄉(xiāng))新型農村合作醫(yī)療經辦機構每月的1日至20日內向海淀區(qū)新型農村合作醫(yī)療管理中心申請復審結算。對于當年12月份發(fā)生的醫(yī)療費用單據應最遲在次年1月20日前向海淀區(qū)新型農村合作醫(yī)療管理中心進行申請復審結算。跨年度連續(xù)住院的費用，當年12月31日以前含(31日)發(fā)生的住院醫(yī)療費用和自下一年起發(fā)生的住院醫(yī)療費用分別進行結算。根據各年度實際繳費情況予以補償。對于跨年度結算的一次住院費用只計算一次起起付線。

　　(二)兩類特殊人群住院醫(yī)療費用補償政策和流程。(1)參合農民參加其他商業(yè)醫(yī)療保險，如先由商業(yè)醫(yī)療保險按照其標準支付補償款的，參合患者須向鎮(zhèn)(鄉(xiāng))合管辦提供商業(yè)保險分割單和住院醫(yī)療費用全部票據復印件進行報銷。若先由新型農村合作醫(yī)療報銷的，由新農合出具費用分割單，再到商業(yè)醫(yī)療保險公司報銷。新型農村合作醫(yī)療補償款和商業(yè)醫(yī)療保險補償款總額不應超過所發(fā)生住院醫(yī)療總費用。(2)參加新農合的優(yōu)撫對象，首先由民政局按照有關政策進行報銷，參合患者須向鎮(zhèn)(鄉(xiāng))合管辦提供民政局出具的優(yōu)撫對象新型農村合作醫(yī)療報銷介紹信，新型農村合作醫(yī)療對優(yōu)撫對象經民政局報銷后的剩余金額部門按照新農合標準進行報銷。