21項，其中，國家“973計劃”項目、“863計劃”項目、國家重大專項、國家科技支撐計劃、行業(yè)專項、國家自然科學(xué)基金項目等國家級課題122項，（其中“973”牽頭項目1項，“973”課題6項，“863”課題1項，國家重大科技專項牽頭5項，國家科技支撐計劃課題11項，行業(yè)專項3項，國家自然科學(xué)基金項目57項）；獲各級各類科技進(jìn)步獎37項，其中，部省級一、二等獎18項，申請國家專利73項；到位科研經(jīng)費過億元，技術(shù)合作或轉(zhuǎn)讓合同經(jīng)費5千多萬元。
學(xué)校1994年發(fā)起組建的高科技股份制公司“華神藥業(yè)股份有限公司”是中醫(yī)藥院校參與發(fā)起的第一家上市公司。2002年，學(xué)校參與發(fā)起成立國家中藥現(xiàn)代化產(chǎn)業(yè)基地（四川），并承擔(dān)了四川省33個GAP基地中17個基地的建設(shè)指導(dǎo)工作。2002年以來，學(xué)校先后承辦了由國家科技部等三部兩局兩院和四川省人民政府共同主辦的第一、第二屆中醫(yī)藥現(xiàn)代化國際科技大會的學(xué)術(shù)組織工作，目前正在承辦的第三屆中醫(yī)藥現(xiàn)代國際科技大會的學(xué)術(shù)組織工作。
學(xué)校是教育部最早確定的有條件接受外國留學(xué)生的200所高校之一，也是最早開展對港澳臺教育的中醫(yī)藥院校之一。學(xué)校自上世紀(jì)八十年以來接收和培養(yǎng)了來自韓國、日本、新加坡、以色列、德國、美國、法國、捷克及香港、澳門、臺灣等29個國家和地區(qū)的學(xué)歷學(xué)生（包含本科、碩、博士研究生）及多種類型的中醫(yī)藥、針灸短期進(jìn)修培訓(xùn)學(xué)員4300余人次，培養(yǎng)了我國第一位外籍針灸學(xué)博士和方劑學(xué)博士。學(xué)校與美國、葡萄牙、德國、日本、以色列、新加坡、韓國、香港、臺灣、澳門等22個國家和地區(qū)的大學(xué)、醫(yī)療、科研機(jī)構(gòu)及學(xué)術(shù)團(tuán)體建立了交流合作關(guān)系。經(jīng)教育部批準(zhǔn)同意，我校在葡萄牙舉辦了中醫(yī)針灸本科學(xué)歷教育分校，是我國第一個在海外舉辦中醫(yī)藥高等學(xué)歷教育的高校。學(xué)校與英國牛津大學(xué)、倫敦城市大學(xué)開展了本科、研究生合作培養(yǎng)項目，與臺灣義守大學(xué)等高校開展了互換生（互相交換學(xué)生學(xué)習(xí)）校際交流項目，每年選派一批學(xué)生到項目合作高校交流學(xué)習(xí)。我校是科技部授予的“中醫(yī)藥國際科技合作基地”，國家中醫(yī)藥管理局授予的“中醫(yī)藥國際交流合作教育基地和醫(yī)療基地”，世界衛(wèi)生組織也在我校設(shè)立了“WHO合作中心”。